En este Comité Paralímpico se integran las cinco Federaciones Españolas de Deportes para Minusválidos legalmente reconocidas y que son las siguientes:
· Federación Española de Deportes de Minusválidos Físicos (FEDMF).
· Federación Española de Deportes para Discapacitados Intelectual (FEDDI).
· Federación Española de Deportes para Ciegos (FEDC).
· Federación Española de Deportes de Paralíticos Cerebrales (FEDPC).
· Federación Española de Deportes para Sordos (FEDS).

De este modo el Comité Paralímpico Español se configura como el órgano de unión y coordinación de todo el deporte para personas con discapacidad en los ámbitos del Estado Español e Internacional, en estrecha colaboración con el Consejo Superior de Deportes.
Aunque la F.E.D.S. es un miembro integrante del Comité Paralímpico Español, el deporte para sordos no está incluido en la estructura del Comité Paralímpico Internacional por decisión del Comité Internacional de Deportes para Sordos, ni participa en los Juegos Paralímpicos. Por esta razón, y al ser el objetivo primordial de este Comité la preparación de los deportistas paralímpicos, el deporte silencioso no recibe ayudas económicas del Comité Paralímpico Español.
Con su creación se dotó al deporte de discapacitados de una estructura similar a la que más implantación tiene a nivel internacional. Además de las cinco federaciones de deportes de minusválidos, la Asamblea del CPE cuenta con la Presidencia de Honor de SAR la Infanta Dña. Elena y la participación del Ministerio de Trabajo y Asuntos Sociales, el Ministerio de Asuntos Exteriores, el Consejo Superior de Deportes, el Comité Olímpico Español, la Fundación ONCE y la Asociación Española de Periodistas e Informadores Deportivos.